Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms