Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXC4P09017 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms