Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TRIM56Q9BRZ2 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM56Q9BRZ2 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRIM56Q9BRZ2 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.5 ms