Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS35Q96QK1 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS35Q96QK1 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS35Q96QK1 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.1 ms