Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX2P35548 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX2P35548 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX2P35548 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX2P35548 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX2P35548 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX2P35548 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
MSX2P35548 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSX2P35548 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23■■□□□ 1.27
MSX2P35548 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSX2P35548 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
MSX2P35548 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23■■□□□ 1.27
MSX2P35548 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX2P35548 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX2P35548 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX2P35548 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX2P35548 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX2P35548 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX2P35548 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX2P35548 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX2P35548 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSX2P35548 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSX2P35548 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSX2P35548 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSX2P35548 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSX2P35548 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSX2P35548 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSX2P35548 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSX2P35548 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX2P35548 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX2P35548 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX2P35548 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX2P35548 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX2P35548 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX2P35548 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX2P35548 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX2P35548 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX2P35548 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSX2P35548 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSX2P35548 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSX2P35548 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSX2P35548 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSX2P35548 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSX2P35548 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSX2P35548 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
MSX2P35548 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSX2P35548 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSX2P35548 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSX2P35548 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSX2P35548 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSX2P35548 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSX2P35548 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSX2P35548 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSX2P35548 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSX2P35548 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSX2P35548 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX2P35548 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX2P35548 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX2P35548 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX2P35548 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX2P35548 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX2P35548 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX2P35548 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX2P35548 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX2P35548 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
MSX2P35548 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
MSX2P35548 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSX2P35548 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSX2P35548 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSX2P35548 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSX2P35548 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSX2P35548 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSX2P35548 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX2P35548 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX2P35548 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX2P35548 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX2P35548 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX2P35548 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSX2P35548 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSX2P35548 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX2P35548 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX2P35548 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX2P35548 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX2P35548 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSX2P35548 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSX2P35548 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSX2P35548 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSX2P35548 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSX2P35548 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms