Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SMARCA1P28370 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SMARCA1P28370 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms