Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
COL5A1P20908 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL5A1P20908 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL5A1P20908 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.4 ms