Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A1P12109 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A1P12109 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms