Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LDB3O75112 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LDB3O75112 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LDB3O75112 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
LDB3O75112 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDB3O75112 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDB3O75112 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDB3O75112 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LDB3O75112 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
LDB3O75112 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LDB3O75112 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LDB3O75112 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LDB3O75112 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LDB3O75112 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB3O75112 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB3O75112 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB3O75112 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB3O75112 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB3O75112 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB3O75112 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB3O75112 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB3O75112 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB3O75112 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB3O75112 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB3O75112 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB3O75112 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB3O75112 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB3O75112 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB3O75112 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB3O75112 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB3O75112 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB3O75112 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB3O75112 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB3O75112 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB3O75112 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB3O75112 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB3O75112 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB3O75112 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB3O75112 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB3O75112 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB3O75112 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB3O75112 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB3O75112 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB3O75112 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB3O75112 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB3O75112 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB3O75112 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB3O75112 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB3O75112 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB3O75112 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB3O75112 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB3O75112 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB3O75112 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LDB3O75112 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LDB3O75112 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LDB3O75112 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LDB3O75112 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LDB3O75112 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LDB3O75112 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LDB3O75112 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LDB3O75112 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LDB3O75112 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LDB3O75112 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 107 ms