Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.87■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC42.86■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.85■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.85■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC42.84■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC42.83■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC42.82■■■■■ 4.45
CCDC88BA6NC98 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC42.82■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC42.82■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC42.81■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.81■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC42.81■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC42.81■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC42.81■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC42.8■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC42.8■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.79■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.78■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.77■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.77■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC42.76■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC42.76■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC42.76■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.76■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.76■■■■■ 4.44
CCDC88BA6NC98 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC42.75■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.75■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC42.73■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC42.73■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.73■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.73■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC42.72■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.71■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.71■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC42.71■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC42.71■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC42.7■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC42.7■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC42.7■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC42.69■■■■■ 4.43
CCDC88BA6NC98 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC42.69■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.69■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC42.69■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC42.69■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.69■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.69■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC42.68■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.68■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC42.68■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.67■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.67■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC42.67■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC42.67■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC42.66■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC42.66■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC42.65■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC42.65■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC42.65■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC42.65■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC42.64■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC42.64■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.64■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC42.64■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.64■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.63■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC42.63■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC42.63■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC42.63■■■■■ 4.42
CCDC88BA6NC98 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.62■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC42.62■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC42.62■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC42.61■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC42.61■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC42.6■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.6■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.59■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC42.59■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.59■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.59■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.58■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC42.58■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC42.58■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.58■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC42.58■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.57■■■■■ 4.41
CCDC88BA6NC98 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.56■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC42.56■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC42.56■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.55■■■■■ 4.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms