Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms