Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
DKK3Q9UBP4 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms