Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
NUP54Q7Z3B4 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms