Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC3Q9BQI4 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms