Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
SDC1P18827 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SDC1P18827 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms