Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
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SCN9AQ15858 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
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SCN9AQ15858 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
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SCN9AQ15858 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SCN9AQ15858 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
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