Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC3Q9BQI4 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.9 ms