Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD9Q3L8U1 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
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