Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
IFT88Q13099 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.9 ms