Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL18A1P39060 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms