Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ASIC4-205ENST00000474489 2403 ntTSL 1 (best)17.6■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 RHBDF1-202ENST00000417043 816 ntTSL 317.19■□□□□ 0.348e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.222e-7■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 SLC43A2-201ENST00000301335 8136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.022e-7■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 USP20-207ENST00000491731 821 ntTSL 214.41□□□□□ -0.14e-6■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 KIF22-210ENST00000570173 562 ntTSL 513.78□□□□□ -0.21e-22■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 RHBDF1-203ENST00000419764 435 ntTSL 511.7□□□□□ -0.548e-8■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 NLRP1-207ENST00000571307 4050 ntTSL 1 (best)9.09□□□□□ -0.953e-6■■■■■ 117.2
SF3B1O75533 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.242e-7■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 STAT3-202ENST00000389272 2615 ntTSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 STAT3-203ENST00000404395 2633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 STAT3-213ENST00000588969 2772 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.412e-7■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 STAT3-211ENST00000585517 3319 ntTSL 5 BASIC11.71□□□□□ -0.542e-7■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.861e-6■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.571e-6■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.551e-6■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.481e-6■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 CCND3-216ENST00000511686 576 ntTSL 316.69■□□□□ 0.261e-6■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 CCND3-215ENST00000511642 2394 ntTSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.151e-6■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.82e-6■■■■■ 117.1
SF3B1O75533 CCDC88C-204ENST00000389857 7474 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.34e-6■■■■■ 117
SF3B1O75533 AC010536.2-201ENST00000563036 338 ntTSL 3 BASIC9.71□□□□□ -0.861e-8■■■■■ 117
SF3B1O75533 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.182e-7■■■■■ 116.9
SF3B1O75533 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.172e-7■■■■■ 116.9
SF3B1O75533 DMTN-214ENST00000519907 2658 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 116.9
SF3B1O75533 DMTN-220ENST00000523266 2735 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.132e-7■■■■■ 116.9
SF3B1O75533 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.431e-6■■■■■ 116.9
SF3B1O75533 KLHL24-210ENST00000475827 545 ntTSL 417.28■□□□□ 0.361e-6■■■■■ 116.9
SF3B1O75533 KLHL24-205ENST00000454652 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.71e-6■■■■■ 116.9
SF3B1O75533 SMYD3-207ENST00000462422 971 ntTSL 514.07□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 CCNK-204ENST00000555049 1606 ntTSL 1 (best) BASIC10.52□□□□□ -0.722e-8■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 CCNK-201ENST00000389879 3524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.21□□□□□ -0.942e-8■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 TRPM4-209ENST00000598502 3695 ntTSL 1 (best)15.88■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 TRPM4-211ENST00000598697 3349 ntTSL 215.7■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 TRPM4-205ENST00000595519 3702 ntTSL 1 (best)15.16■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 TRPM4-207ENST00000596338 3993 ntTSL 215.03■□□□□ -02e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 TRPM4-201ENST00000252826 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 TRPM4-202ENST00000427978 3444 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.242e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.274e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 MIER2-201ENST00000264819 6884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.374e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 STIL-202ENST00000360380 5225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.552e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 STIL-209ENST00000447475 2984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)8.86□□□□□ -0.992e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 STIL-203ENST00000371877 5009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7□□□□□ -1.292e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 STIL-201ENST00000337817 5087 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.89□□□□□ -1.312e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 STIL-204ENST00000396221 4558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.39□□□□□ -1.552e-6■■■■■ 116.8
SF3B1O75533 HDLBP-241ENST00000487169 4339 ntTSL 213.66□□□□□ -0.224e-6■■■■■ 116.7
SF3B1O75533 HDLBP-202ENST00000373292 3297 ntTSL 511.47□□□□□ -0.574e-6■■■■■ 116.7
SF3B1O75533 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 116.7
SF3B1O75533 ELL-202ENST00000594635 4074 ntTSL 1 (best)14.27□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 116.7
SF3B1O75533 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.796e-7■■■■■ 116.7
SF3B1O75533 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.56e-7■■■■■ 116.7
SF3B1O75533 LIG3-202ENST00000378526 8400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.932e-6■■■■■ 116.7
SF3B1O75533 SLC25A13-202ENST00000416240 3192 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.314e-7■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 SLC25A13-201ENST00000265631 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.39□□□□□ -0.914e-7■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-217ENST00000613634 1109 ntTSL 528.74■■■□□ 2.194e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-223ENST00000620808 773 ntTSL 528.74■■■□□ 2.194e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.124e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-219ENST00000615658 1322 ntTSL 227.95■■■□□ 2.064e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.964e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.694e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-214ENST00000612012 877 ntTSL 525.53■■□□□ 1.684e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.594e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.554e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-220ENST00000615986 1900 ntTSL 224.37■■□□□ 1.494e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-202ENST00000426231 864 ntTSL 518.56■□□□□ 0.564e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 TAZ-203ENST00000439735 567 ntTSL 512.07□□□□□ -0.484e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 CHD8-201ENST00000399982 8229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.68□□□□□ -1.021e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 CHD8-213ENST00000557364 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.66□□□□□ -1.021e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 CHD8-202ENST00000430710 7420 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.33□□□□□ -1.41e-6■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 NELFA-210ENST00000455762 1022 ntTSL 520.5■□□□□ 0.871e-8■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 NELFA-207ENST00000431323 888 ntTSL 516.79■□□□□ 0.281e-8■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 NELFA-215ENST00000488452 560 ntTSL 416.79■□□□□ 0.281e-8■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 NELFA-206ENST00000421397 574 ntTSL 516.13■□□□□ 0.171e-8■■■■■ 116.6
SF3B1O75533 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.081e-6■■■■■ 116.5
SF3B1O75533 ATP6AP1-209ENST00000491569 2079 ntTSL 221.58■■□□□ 1.051e-6■■■■■ 116.5
SF3B1O75533 ATP6AP1-207ENST00000455205 4515 ntTSL 215.36■□□□□ 0.051e-6■■■■■ 116.5
SF3B1O75533 DENND1A-211ENST00000491650 842 ntTSL 510.72□□□□□ -0.692e-6■■■■■ 116.5
SF3B1O75533 DENND1A-204ENST00000394215 1380 ntTSL 5 BASIC9.52□□□□□ -0.892e-6■■■■■ 116.5
SF3B1O75533 AC023055.1-204ENST00000548593 782 ntTSL 322.76■■□□□ 1.232e-6■■■■■ 116.4
SF3B1O75533 AC023055.1-202ENST00000550124 805 ntTSL 520.84■□□□□ 0.932e-6■■■■■ 116.4
SF3B1O75533 SARNP-201ENST00000336133 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.352e-6■■■■■ 116.4
SF3B1O75533 SARNP-204ENST00000552207 2242 ntTSL 212.27□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 116.4
SF3B1O75533 AC023055.1-203ENST00000546813 646 ntTSL 38.47□□□□□ -1.052e-6■■■■■ 116.4
SF3B1O75533 AC023055.1-205ENST00000552719 531 ntTSL 28.02□□□□□ -1.132e-6■■■■■ 116.4
SF3B1O75533 SARNP-203ENST00000552080 726 ntTSL 2 BASIC3.39□□□□□ -1.872e-6■■■■■ 116.4
SF3B1O75533 PCGF3-209ENST00000475288 604 ntTSL 319.77■□□□□ 0.763e-6■■■■■ 116.4
SF3B1O75533 OSBPL3-210ENST00000415952 568 ntTSL 415.64■□□□□ 0.091e-6■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 OSBPL3-201ENST00000313367 6760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.061e-6■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 RSRC1-208ENST00000476899 788 ntTSL 520.59■□□□□ 0.893e-6■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 PLD1-215ENST00000497307 1506 ntTSL 220.41■□□□□ 0.862e-6■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.671e-7■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 SLC35C2-208ENST00000481809 872 ntTSL 517.03■□□□□ 0.329e-12■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 ACAP2-211ENST00000480906 1802 ntTSL 1 (best)16.87■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 SLC35C2-210ENST00000484318 971 ntTSL 516.58■□□□□ 0.249e-12■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.219e-12■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 NCAPD3-213ENST00000534532 5539 ntTSL 216.25■□□□□ 0.191e-7■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 FAM168A-205ENST00000632101 473 ntTSL 215.77■□□□□ 0.123e-6■■■■■ 116.3
SF3B1O75533 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.079e-12■■■■■ 116.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1511.8 ms