Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC30.49■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC30.49■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.39■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
CHMP3Q9Y3E7 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC30.39■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC30.38■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC30.34■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CHMP3Q9Y3E7 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms