Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HIF3AQ9Y2N7 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms