Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
VSX1Q9NZR4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VSX1Q9NZR4 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms