Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
DDX56Q9NY93 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX56Q9NY93 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX56Q9NY93 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX56Q9NY93 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms