Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV6

TRIM55, Tripartite motif-containing protein 55, humanhuman

Predictions only

Length 548 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM55Q9BYV6 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM55Q9BYV6 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM55Q9BYV6 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM55Q9BYV6 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM55Q9BYV6 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM55Q9BYV6 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM55Q9BYV6 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM55Q9BYV6 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM55Q9BYV6 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM55Q9BYV6 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM55Q9BYV6 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM55Q9BYV6 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.5 ms