Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF540Q8NDQ6 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
ZNF540Q8NDQ6 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF540Q8NDQ6 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms