Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC37.31■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.31■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC37.31■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC37.3■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC37.29■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC37.29■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC37.28■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC37.27■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.27■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.26■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
TCOF1Q13428 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC37.24■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC37.23■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC37.22■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC37.22■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.22■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC37.21■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.2■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.55
TCOF1Q13428 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC37.2■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC37.18■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC37.18■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC37.17■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC37.17■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC37.16■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC37.15■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC37.15■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.14■■■■□ 3.54
TCOF1Q13428 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.13■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.13■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC37.13■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC37.12■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC37.11■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC37.1■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.08■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC37.08■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC37.08■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.08■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC37.07■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC37.07■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC37.07■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.53
TCOF1Q13428 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.07■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC37.06■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC37.05■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC37.05■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC37.05■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
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