Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH2P43246 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH2P43246 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH2P43246 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH2P43246 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH2P43246 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH2P43246 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH2P43246 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH2P43246 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH2P43246 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH2P43246 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH2P43246 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH2P43246 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH2P43246 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH2P43246 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
MSH2P43246 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
MSH2P43246 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
MSH2P43246 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSH2P43246 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSH2P43246 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSH2P43246 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH2P43246 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH2P43246 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH2P43246 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSH2P43246 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
MSH2P43246 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSH2P43246 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSH2P43246 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSH2P43246 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSH2P43246 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSH2P43246 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSH2P43246 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSH2P43246 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSH2P43246 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSH2P43246 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSH2P43246 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSH2P43246 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH2P43246 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH2P43246 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH2P43246 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH2P43246 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH2P43246 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSH2P43246 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSH2P43246 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSH2P43246 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH2P43246 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH2P43246 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH2P43246 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH2P43246 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH2P43246 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH2P43246 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH2P43246 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH2P43246 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH2P43246 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH2P43246 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH2P43246 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH2P43246 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH2P43246 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH2P43246 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH2P43246 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH2P43246 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH2P43246 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH2P43246 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH2P43246 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH2P43246 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH2P43246 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH2P43246 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH2P43246 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH2P43246 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH2P43246 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH2P43246 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH2P43246 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH2P43246 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH2P43246 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH2P43246 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSH2P43246 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSH2P43246 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSH2P43246 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSH2P43246 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSH2P43246 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSH2P43246 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSH2P43246 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH2P43246 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH2P43246 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH2P43246 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH2P43246 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH2P43246 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH2P43246 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH2P43246 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH2P43246 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH2P43246 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms