Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CLDN3O15551 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CLDN3O15551 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CLDN3O15551 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CLDN3O15551 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CLDN3O15551 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CLDN3O15551 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CLDN3O15551 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CLDN3O15551 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CLDN3O15551 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CLDN3O15551 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CLDN3O15551 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CLDN3O15551 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms