Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A6A6NMZ7 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms