Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHMP3Q9Y3E7 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.9 ms