Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.6 ms