Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 AL589935.2-201ENST00000616471 1231 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CLN3Q13286 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
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