Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS4AQ9UN37 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.1 ms