Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms