Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
DKK3Q9UBP4 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms