Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.1 ms