Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms