Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms