Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXC9P31274 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms