Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.64■■■□□ 2.5
CHMP3Q9Y3E7 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.6■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC30.6■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC30.57■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC30.56■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC30.55■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CHMP3Q9Y3E7 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms