Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms