Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMD1Q9UGP4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIMD1Q9UGP4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMD1Q9UGP4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMD1Q9UGP4 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms