Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRERF1Q96PN7 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRERF1Q96PN7 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
TRERF1Q96PN7 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
TRERF1Q96PN7 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TRERF1Q96PN7 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms