Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
RPUSD4Q96CM3 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC19.14■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
RPUSD4Q96CM3 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
RPUSD4Q96CM3 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.3 ms