Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP53Q70EK8 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP53Q70EK8 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP53Q70EK8 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms