Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP39Q53GS9 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP39Q53GS9 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP39Q53GS9 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms