Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC33.2■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC33.19■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC33.17■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC33.16■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC33.16■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
COL18A1P39060 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC33.09■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC33.08■■■□□ 2.89
COL18A1P39060 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC33.07■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.07■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC33.05■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.04■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.03■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.03■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC33.03■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC33.03■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC33.03■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC33.02■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
COL18A1P39060 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC33.01■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC33■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC33■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC32.99■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC32.97■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC32.97■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC32.97■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
COL18A1P39060 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms