Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC32.92■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC32.91■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC32.9■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
COL3A1P02461 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC32.87■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC32.86■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.83■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
COL3A1P02461 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.82■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC32.82■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC32.82■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC32.82■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.81■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.81■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC32.8■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC32.8■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC32.79■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC32.79■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC32.79■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC32.78■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC32.78■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC32.77■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC32.77■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC32.76■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC32.76■■■□□ 2.84
COL3A1P02461 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC32.75■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.73■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC32.73■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.73■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.7■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
COL3A1P02461 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
COL3A1P02461 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC32.7■■■□□ 2.82
COL3A1P02461 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
COL3A1P02461 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
COL3A1P02461 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC32.69■■■□□ 2.82
COL3A1P02461 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 144.9 ms