Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDLRP01130 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDLRP01130 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDLRP01130 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDLRP01130 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDLRP01130 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDLRP01130 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDLRP01130 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDLRP01130 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDLRP01130 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDLRP01130 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDLRP01130 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDLRP01130 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDLRP01130 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDLRP01130 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDLRP01130 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDLRP01130 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDLRP01130 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDLRP01130 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDLRP01130 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDLRP01130 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDLRP01130 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDLRP01130 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDLRP01130 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDLRP01130 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDLRP01130 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDLRP01130 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDLRP01130 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDLRP01130 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDLRP01130 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDLRP01130 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDLRP01130 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDLRP01130 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
LDLRP01130 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LDLRP01130 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
LDLRP01130 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LDLRP01130 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LDLRP01130 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LDLRP01130 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LDLRP01130 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
LDLRP01130 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDLRP01130 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDLRP01130 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDLRP01130 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDLRP01130 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDLRP01130 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDLRP01130 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDLRP01130 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LDLRP01130 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LDLRP01130 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LDLRP01130 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LDLRP01130 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LDLRP01130 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDLRP01130 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDLRP01130 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDLRP01130 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDLRP01130 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDLRP01130 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDLRP01130 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
LDLRP01130 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LDLRP01130 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LDLRP01130 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LDLRP01130 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LDLRP01130 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LDLRP01130 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDLRP01130 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDLRP01130 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDLRP01130 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDLRP01130 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDLRP01130 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDLRP01130 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDLRP01130 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDLRP01130 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDLRP01130 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDLRP01130 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDLRP01130 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDLRP01130 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LDLRP01130 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LDLRP01130 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
LDLRP01130 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LDLRP01130 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LDLRP01130 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDLRP01130 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDLRP01130 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDLRP01130 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDLRP01130 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDLRP01130 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDLRP01130 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
LDLRP01130 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDLRP01130 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LDLRP01130 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDLRP01130 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDLRP01130 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDLRP01130 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDLRP01130 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDLRP01130 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LDLRP01130 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LDLRP01130 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LDLRP01130 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LDLRP01130 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.4 ms